Beliau dilahirkan pada 31 Julai 1918 di
Kampung Tampakan, Kudat, Sabah.
Beliau adalah anak ke-3 Datu Harun Datu Nasaruddin dan Norani Abdul Rahim.
Bapanya bebangsa Suluk dan ibunya adalah Bajau Bannaran
Zaman penjajahan
Pada tahun 1928, ketika berusia 10 tahun, beliau bekerja
sebagai pelayan rumah kepada Residen Kudat Syarikat Berpiagam Borneo Utara,
E.W. Morrel. 6 tahun kemudian, beliau menjadi "Office Orderly" di
Pejabat Daerah Kudat. Pada 1 Februari 1937,
beliau dilantik sebagai Ketua Anak Negeri dan Pemungut Cukai Candu.
Beliau adalah pejuang pembebasan Borneo Utara ke atas Tentera
Jepun. Sewaktu zaman akhir penjajahan Jepun Tun Mustapha telah bertindak
menentang tentera Jepun dan pihak Jepun telah menawarkan ganjaran wang untuk
menangkap Tun Mustapha. Sewaktu pemberontakan Albert Kwork, Albert Kwork telah
mengajak Tun Mustapha untuk sama-sama menyerang Jesselton, tetapi beliau
menasihatkan Alber Kwork bahawa belum tiba masanya untuk memberontak.
Persediaan dan perancangan rapi adalah diperlukan. Albert Kwork telah bertindak
sendirian.
Walau bagaimanapun orang-orang Tun Mustapha dari suku Bajau Bannaran
dan Sulu dari Mantanani dan Inanam dibawah pimpinan Panglima Ali dan beberapa
pemimpin Bajau Suluk yang lain telah sama-sama berjuang dengan Alber Kwork.
Pada tahun 1944, beliau telah belayar menggunakan kapal layar
Bajau jenis kumpit ke Palawan (Filipina)bersama-sama sahabatnya Haji Jaafar dan
seorang lagi untuk meminta bantuan tentera Amerika di Filipina. Sewaktu di
Pulau Balambangan ( Banggi ) Tun Mustapha dan Haji Jaafar telah bertempur
dengan lima orang tentera Jepun dengan bersenjatakan parang Barung( senjata
pusaka dari Datu Paduka Mat Salleh )dan mereka berjaya membunuh kesemua tentera
Jepun. Tun Mustapha telah memenggal kepala tentera Jepun yang dibunuhnya untuk
dibawa menemui Jeneral Mac Arthur ( Ketua Tentera Amerika Syarikat yang
berpangkalan di Filipina) untuk mendapatkan bantuan senjata bagi menentang
tentera Jepun di Sabah.
Sewaktu Tun Mustapha di Filipina bapanya telah
meninggal dunia dan adiknya pula Datu Muhammadun bersama-sama sahabatnya (
sepupunya ) Alibasa telah ditangkap oleh tentera Jepun di perairan Pulau Banggi
sewaktu mengintip pergerakan tentera Jepun untuk memastikan pelayaran Tun
Mustapha ke Palawan selamat. Pada waktu itu, pihak Jepun menyangka bahawa yang
ditangkap itu adalah Datu Mustapha, tetapi mereka tidak tahu. (sumber lisan
adik bongsu Tun). Datu muhamadun telah disiksa oleh tentera Jepun dengan diikat
dipalang kayu.Dihiris-hiris badannya dan lukanya dibubuh garam.
Beliau dijemur
dipanas terik diberi minum air sabun dan dipukul perut dan badannya oleh
tentera Jepun. Alibasa pula telah digantung di Karakit Pulau Banggi selama tiga
hari tiga malam dalam keadaan kepala ke bawah dan kaki terikat di atas. Beliau
juga disiksa dan dipukul oleh tentera Jepun. Selepas tiga hari Alibasa dan Datu
Muhamadun telah dibawa belayar ke Kudat. Datu Muhamadun telah memberikan amanta
akhir kepada Alibasa agar beliau mencari jalan untuk melarikan diri dan
memberitahu Tun Mustapha mengenai penagkapannya dan beliau berpesan agar
membela kematiannya nanti.
Ali basa telah berjaya melarikan diri dengan terjun ke laut
di perairan Pulau Balak-balak Banggi dalam keadaan kaki tangan terikat dan
telanjang bulat.Menurut beliau sewaktu berada dalam air laut ikan yu hanya
mengelilingi beliau dan beliau boleh bernafas dalam air.Air laut tidak mengenai
hidungnya dalam jarak sejengkal. Beliau berjaya membuka ikatan di kaki dan
tangannya dan berenang ke Pulau Balak-Balak Banggi. Sewaktu terjun ke dalam
laut, beliau telah dihujani dengan peluru meriam dan senapang tentera Jepun
namun tidak langsung mengenai tubuh badannya.Keberanian Datu Muhamadun dan
Alibasa telah diabadikan dalam SYAIR PERANG SABIL dalam versi bahasa Suluk
untuk menaikkan semangat jihad tentera gerila di Sabah.
Sewaktu Tun Mustapha telah kembali ke Sabah beliau amat marah
dengan kematian adiknya. Tun Mustapha telah menubuhkan dan mengetuai tentera
gerila bumiputera Sabah dengan berpangkat Kapten. Pasukan tentera gerila ini
telah disertai oleh orang-orang bumiputera dari suku Suluk, Bajau Bannaran,
Kagayan, orang sungai dan orang Brunai dari Kudat, Kota Marudu dan Pitas. Beliau
bermula dengan pangkat prebet dan setelah itu dinaikkan pangkat ke Sarjan di
dalam Bahagian Perkhidmatan Perisikan Rahsia. 5 April 1945, Tun Datu Mustapha
dinaikkan pangkat Leftenan. Selepas itu, beliau menjawat jawatan Kapten gerila
British di Borneo Utara di bawah pimpinan Kolonel R.G.P.N. Comber, Bekas
Pegawai Daerah Kota Belud. Sewaktu melawan tentera Jepun, pasukan gerila Tun
Mustapha telah terlibat dengan beberapa pertempuran di Kudat, Kota Marudu,
Pitas, Kota Belud dan Pulau Banggi. Sewaktu fasa akhir melawan tentera Jepun
Tun Mustapha telah menempatkan semua keluarga dan sanak saudaranya yang ingin
berpindah ke sebuah tempat persembunyian yang dikenali sebagai TAPOKAN di
kawasan Telaga, Pitas.
Sekembalinya British dari Perang
Dunia Kedua, beliau
menyandang kerusi Ketua Anak Negeri Kelas 1 membawa gelaran Orang Kaya-Kaya
(OKK). Belaiu telah memperjuangkan kemerdekaan Sabah dan atas kepimpinannya
sewaktu melawan tentera Jepun di Sabah beliau telah diberi mandat untuk
memimpin Sabah bagi mencapai kemerdekaan. Setelah itu, tiba saat
gilang-gemilang apabila Sabah merdeka dalam Malaysia, beliau dilantik sebagai
Yang DiPertua Negeri Sabah.